EMDR terapisinde 8 aşamalı, üç yönlü (geçmiş, şimdi, gelecek) bir protokol uygulanır. Hedef, geçmişte yaşanan anıların yeniden işlenerek duyarsızlaşmanın sağlanması, bugünkü semptomların tedavisi, danışanın gelecekte karşılaşacağı benzer sorunlar karşısında, kazandığı olumlu inanç ve duyguların geliştirdiği yeni bakış açısının yönlendirdiği davranışları gösterebilmesidir.